航空航天工程监理公司在检查施工单位特殊工种时，需要采取以下措施：

1. 定义特殊工种：明确特殊工种的范围和涵义，根据航空航天工程的要求和特点，确定属于特殊工种的具体岗位和工作内容。

2. 确认特殊工种资质：核对施工单位特殊工种人员的相关证书和资质，如特种作业操作证、焊工合格证、起重机械操作证等，确保其具备合格的技能和经验。

3. 检查特殊工种工作场所：对特殊工种的工作场所进行检查，确保其符合相关的安全要求和环境条件，如防护设施、通风条件、紧急疏散通道等。

4. 了解特殊工种工作流程：详细了解特殊工种的工作流程和操作步骤，确保施工单位按照规定的程序进行工作，并采取相应的安全措施。

5. 检查特殊工种安全设备：审查特殊工种所需的专用安全设备，如个人防护装备、工具和机械设备，确保其完好、适配并满足航空航天工程的安全要求。

6. 检查特殊工种培训记录：核对施工单位特殊工种人员的培训记录和证书，了解其接受安全培训和专业技能培训的情况，保证其具备必要的安全知识和技能。

7. 定期抽查特殊工种工作：定期对特殊工种进行抽查，以确保其持续遵守安全操作规范和要求。抽查内容可以包括工作记录、工作台账、安全检查记录等。

8. 定期评估特殊工种工作风险：对特殊工种的工作风险进行评估，及时调整和优化工作方式和安全措施，以确保特殊工种的工作安全性和高效性。

以上措施旨在保障施工单位特殊工种在航空航天工程中的安全表现和工作质量。航空航天工程监理公司可通过检查、抽查和评估等手段，对特殊工种进行全面的管理和监督，确保其合规运行和安全执行工作。